Las manifestaciones clínicas de la enfermedad celíaca son variadas e inespecíficas, y pueden ser digestivas o extradigestivas. En ocasiones, los síntomas son tan leves que pasan desapercibidos, hablándose de "enfermedad celíaca asintomática".
| Síntomas digestivos | Síntomas extradigestivos | Alteraciones analíticas | |
| Niños | Diarrea. Estreñimiento. Vómitos. Dolor abdominal. Distensión abdominal. Retraso de crecimiento. Malnutrición | Hipotrofia muscular. Irritabilidad. Apatía/tristeza. Anorexia. | Anemia ferropénica. Hipertransaminasemia. |
| Adolescentes | Dolor abdominal. Distensión abdominal. Hábito intestinal irregular. | Dolores óseos. Osteopenia. Osteoporosis. Dolores articulares. Artritis. Debilidad muscular. Aftas orales. Hipoplasia del esmalte dental. Cefaleas. Alteraciones menstruales. Irritabilidad. Depresión. | Anemia ferropénica. hipertransaminasemia. |
| Adultos | Dispepsia. Diarrea crónica. Estreñimiento. Síndrome de intestino irritable. Malnutrición por malabosorción. | Dolores óseos. Dolores articulares. Fatiga. Infertilidad. Abortos. Depresión. Ansiedad. Ataxia. Menopausia precoz. Parestesias. Tetania. Neuropatía periférica. Alteración de la coagulación. Debilidad muscular. Miopatía proximal. Osteopenia. Osteoporosis. Hipoesplenismo. | Anemia ferropénica. Hipertransaminasemia. Hipoalbuminemia. Alteración de la coagulación. |
Los síntomas digestivos predominan cuando la enfermedad se manifiesta a edades tempranas (niños pequeños), e incluyen vómitos, diarrea, estreñimiento, dolor y distensión abdominal, estancamiento del crecimiento, falta de apetito o carácter irritable. Cualquiera de estos síntomas puede aparecer aislado o en combinación con otros, y pueden ser leves o acusados.
Los síntomas extradigestivos se dan con mayor frecuencia a edades más tardías (niños mayores, adolescentes y adultos) y pueden afectar a distintas funciones del organismo, siendo de tipo reumático, osteomuscular, endocrino, dermatológico, ginecológico, reproductivo, neurológico o psiquiátrico.
La forma asintomática de la enfermedad predomina en los grupos de riesgo, que son los familiares de un paciente celíaco (padres, hermanos, hijos), las personas afectadas por enfermedades inmunológicas (especialmente diabetes mellitus tipo 1, tiroiditis autoinmune y déficit selectivo de inmunoglobulina A) y las personas que sufren los síndromes cromosómicos de Down, Turner, o Williams.