Un mejor conocimiento de la enfermedad permitirá diseñar otros tratamientos distintos a la dieta sin gluten, que deberán ser tan seguros y eficaces como lo es esta dieta. Se pueden seleccionar variedades de trigo no tóxicas, destruir los péptidos tóxicos con proteasas, bloquear la molécula HLA-DQ2, o modificar la respuesta inmune frente al gluten para reinstaurar la tolerancia, etc.

En este sentido varios grupos de investigadores ya están trabajando en la búsqueda de nuevas posibilidades para el tratamiento de la EC, como podría ser suministrar una enzima que fuera capaz de romper el péptido que resulta tóxico a los celíacos, en trozos más pequeños, de manera que la enzima se suministrara en forma de suplemento dietético y el celíaco lo tomara cada vez que fuera a ingerir gluten.

Este es el comienzo de un proceso de investigación que llevará su tiempo. Sin embargo, por el momento, el único tratamiento sigue siendo el seguimiento de una dieta estricta sin gluten de por vida.