Una vez diagnosticada la enfermedad celíaca, el único tratamiento existente consiste en mantener una dieta estricta sin gluten y de por vida.

No debe iniciarse una dieta sin gluten sin haber realizado previamente una biopsia intestinal que lo justifique, por la alteración de la mucosa. La prescripción de esta dieta, sólo porque hay sospecha de intolerancia a esta proteína o por el resultado de los anticuerpos específicos elevados, sin haber realizado una biopsia intestinal que lo confirme, es un error que se comete con frecuencia y lo único que se consigue es retrasar o enmascarar el diagnóstico de una posible enfermedad celíaca.

La dieta debe seguirse durante toda la vida. Está demostrado que el consumo continuado de pequeñas cantidades de gluten, de forma continuada, puede dañar severamente las vellosidades intestinales o provocar otras alteraciones y/o trastornos importantes nada deseables, incluso en ausencia de síntomas. La dieta sin gluten permite la recuperación vellositaria, así como la desaparición de los síntomas.

La dieta sin gluten debe basarse, fundamentalmente, en alimentos naturales y frescos que no contienen gluten: leche, carnes, pescados, huevos, frutas, verduras, legumbres y los cereales que no tienen gluten: maíz, arroz, mijo y sorgo, combinándolos entre sí de forma variada y equilibrada.

Se eliminará de la dieta cualquier producto que lleve como ingrediente trigo, cebada, centeno, triticale (híbrido de trigo y centeno) y, posiblemente, avena.

El consumo de productos manufacturados conlleva asumir riesgos potenciales. Deben evitarse, en la medida de los posible, los alimentos transformados, elaborados y/o envasados, ya que al haber sido manipulados, la garantía de que no contengan gluten es más difícil de establecer. El gluten puede ser añadido a un producto como ingrediente, aditivo, o bien éste puede contenerlo por razones tecnológicas del proceso de fabricación.